生信工具能有多不靠谱？

转换和颠换如发生在基因的蛋白编码区内，根据点突变对和蛋白质翻译产生的影响，可以将点突变分为同义突变和非同义突变二种。

1. 基本概念

1.1 同义突变(synonymous mutation)

碱基替换不引起氨基酸改变称为同义突变。

1.2 非同义突变(non-synonymous mutation)

碱基替换引起编码氨基酸改变称为非同义突变。

1.2.1 错义突变

碱基替换引起编码氨基酸密码子的改变，编码产生了一种新的氨基酸称为错义突变。错义突变大多发生在密码子的第一位或第二位核苷酸，且发生在第二位和第三位时危害更大。

1.2.2 无义突变

碱基突变引起编码氨基酸密码子替换终止密码子（UAA、UAG和UGA），使肽链合成提前终止，这种的截短的蛋白很可能不具有活性。

蛋白编码区（CDS区）的位点发生非同义突变（即碱基替换引起编码氨基酸的改变），很可能为致病突变，其危害程度与突变发生的位点及改变后氨基酸的理化性质有关，特别是非同义突变发生在决定蛋白功能或结构的CDS区域时产生的危害可能越大，但若突变后氨基酸的理化性质相近，则可能不会产生危害（即可视为良性突变）。

对全外显子（WES）、全基因组测序（WGS）或靶向捕获panel获得的变异位点数据，可使用下列评估工具对非同义突变位点的危害程度进行打分。

2. 危害性评估工具

2.1 非同义突变危害性预测工具 ：

经测试，下列工具中FATHMM表现较优。 1. PolyPhen-2 2. SIFT 3. MutationTaster 4. Mutation Assessor 5. FATHMM 6. LRT 7. PANTHER 8. PhD-SNP 9. SNAP 10. SNPs&GO 11. MutPred

2.2 保守性评估工具：

1. GERP++
2. SiPhy
3. PhyloP

2.3 综合评估工具 ：

综合评估工具中，KGGSeq表现最优；CADD核心为支持向量机算法，DANN采用神经网络算法（更容易捕获非线性关系特征）预测变异位点的危害程度，DANN性能优于CADD。 1. CADD 2. PON-P 3. KGGSeq 4. CONDEL

2.4 评估工具预测结果说明

D表示有害，T 表示容忍， P表示可能有害，B表示良性。

3. ANNOVAR软件注释变异位点的危害性

ANNOVAR可调用dbNSFP数据库数据对变异位点进行打分，目前的最新版本为hg19_dbnsfp47a_interpro。