引言在本指南中，将介绍如何利用Cicero工具和单细胞ATAC-seq数据来识别共可接近网络。 为了在Seurat（Signac工具使用的格式）和CellDataSet（Cicero工具使用的格式）之间轻松转换数据，将利用GitHub上的SeuratWrappers包提供的转换功能。 数据加载将采用Satpathy和Granja等人在2019年发表在《Nature Biotechnology》上的研究成果，使用他们发布的包含人类CD34+造血干细胞和祖细胞的单细胞ATAC-seq数据集。这些经过处理的数据可以…

作者按 本教程将是本系列教程中最重要的一章，我们后续所有的单细胞分析，都要基于准确的细胞类型注释。本教程首发于“[单细胞最好的中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs )”，未经授权许可，禁止转载。 全文字数|预计阅读时间: 4500|5min ——Starlitnightly1. 背景我们通过测序的技术手段，获得了大约10,000个细胞的RNA-seq数据，我们知道不同的细胞，其RNA-seq数据是不一样的。所以我们希望能弄清楚，这10,000个细胞究…