生物医学直博应该主攻生信还是实验?

发布时间:
2024-09-10 03:43
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巧了,同样是医学院直博,我是纯做生信的,另有一个好朋友是直博做实验的,不过她也被要求做生信。

我自己的课题组属于两个老板合作,一个老板做干一个老板做湿。现在生信发展速度飞快,干湿混合逐渐会成为的常态。感觉现在可以分为以下几种:纯干,纯湿,主干,主湿。这几类人我身边都有,根据我自己的见闻简单讨论一下吧

来填坑了。

1.纯干:

自己就是做纯干的,在纯干的课题组呆过,也在主湿的也干过,也在干湿混合的呆过,能够分享些感受。

纯干组没有实验室,只有学生办公室,巨省钱,经费全用到雇人上,钱没地花就更新电脑配置,或者线上服务器多买几个核心(线上服务器方便学生能够在世界各地干活)。课题组自己有自己的研究课题:一些算法开发或是理论研究,同时接各种单子,和别的课题组广泛合作。

在纯干课题组做纯干还是相当舒服的。可以做的课题比较多,导师懂行,能学到不少东西。算法开发、理论研究,跑跑流程或者合作项目,选择多。工作地点工作时间不限,活干完就行。合作的项目,从头到位跟课题,最后肯定拿一作或者共一。自己的项目肯定是一作。组里一点不卷,气氛融洽,风气是到点下班。像湿实验组那种动辄卷到十一二点是不可能的。基本是每天楼里第一个没人的办公室,也是疫情期间唯一还能全功率运作的课题组。

也在湿实验组做过干实验,不过属于是兼职。该组没有专业做干的,测的组学数据都没什么人挖掘。跟组里很多人都合作,我做生信他们做实验。数据确实多,做的爽,有点好想法就可以很快安排实验验证,发文效率是真高。缺点就是都是合作的,而且自己不是主要贡献,共一或者二作,一作文章机会很少。

现在是在干湿混合的组里,刚入组没多久,而且组里主要发的都是大文章,没太大参考意义。目前组里我还是做纯生信的,其他人都是主干的。具体工作肯定是要跑流程,给大文章做钉子。另外也做算法开发,弄点自己的东西,属于两种兼做。文章估计未来也是自己的,合作的都会有。

三种组都呆过,总结一下纯生信的优缺点

优点:不用天天在实验室呆,工作环境放松,工作时间地点限制少;工作灵活性高,很多情况下都可以自行选择研究方向;不需要跟别人共用一些东西,省去很多不必要的麻烦;文章产量高速度快,尤其是上手了以后越做越快,质量也是越来越高。

缺点:身体损伤大,跟程序员差不多;涉猎要广,总有东西要学,生信、计算机、生统、医学、应用数学啥啥啥都要学,而且近几年生信发展太快,技术年年新,热点年年换,不学就被落下;文章一作难,很多都是共一第二或者二作,只跑流程的组里纯生信想拿一作挺难的(前几年纯生信文章还好发,现在有点难,除非跟着潮流水水)。

特点:纯生信偏向脑力劳动,就算跑流程也要经常编程,想思路。湿实验可以一做做一天,但是代码写一天大脑都能写塌机。这也是需要多休息放松的原因,并不只是想偷懒。如果想往学术界走,还是建议做纯生信的同僚多多学习,而不只是跑流程。

2.主干:

这类工作属于跑流程然后自己做验证,也可以跑流程别人做验证,也可以跑流程找人一起做验证,也可以找别人一起跑流程自己做验证。

现在做生信还能有点实验技能的人在各种大实验室很吃香,现在课题组很缺这样的人手。他们能够支撑起完整的课题,还能有很高的可塑造性。

在纯湿组,他们将有着很大的发挥空间,既能跟别人合作,做流程,又能自己从头开始完成干湿结合的课题。在干湿结合的组,不少人都是如此发展。

优点:需求量大;选择灵活,可以发展实验,也可以增强生信;文章好发,独立完成或者合作都有机会;入手难度较低,生信和实验技能具有一定基础后因题而异地针对性发展即可。是生信出身的一个很好的选择。

缺点:失去了纯生信的一些优势,需要回归实验室;容易杂而不精,实验和生信流程学的很窄,需要很高学习动力,多参与不同的课题去提升;未来发展容易受限制,如果只注重流程,忽视理论和算法的增进,加之湿实验又不是很精通,实验思路和流程的设计达不到主要做实验的人的水平,那么未来留在学术界后难以独立发展,需要仰仗别的课题组合作或是直接进到别的组里做小老板。

一些特点:主干实验可以说是偏向技术型的,要掌握很多技能,是各大课题组老板非常喜欢的类型,在申请、求职时有优势,不过未来发展可能上限会低。生信也分上下游,有潜在的鄙视链,跑流程属于是鄙视链下游。上游做下游的东西很容易,但是下游向上游发展却很难。主干的朋友们建议做好规划,为自己未来的发展去向提前铺好路。

3.主湿

这个类型的人周围挺多的,一般是医学、生科、生工专业跨界学一些生信流程,去适应当今生信发展热潮。现在需要通过生信去筛选了一些基因或是通路什么的,然后做实验去验证。会一点生信的实验人员是时代潮流,好的课题组都会要求实验人员具有生信基础,导师会各种督促学生学生信。求学找工的时候,具有一些生信技能将会是很好的加分项。

主湿是一些非生信专业的首选,因为很多生信流程并不需要太多的基础背景,网上代码都能爬到。尽管在准确性或是可视化水平上比不上生信专业人士,但是基础的流程通过自学完全可以胜任。如果有生信专业的同门挚友帮忙,那就太好了,一些困难的点稍微求助一下很快就能跑通顺。

生信的很多生信流程已经逐渐向大众化发展,大量的在线软件、小白教程等等就是在让不懂编程的人也能做上生信。当然了,最好还是懂编程,不说别的,学会R就行,R的编程思维很简单,本身也是面相统计的语言而不是用来编写程序的,很好入门。学会R之后你会发现至少70%的生信流程你都能自己跑。

优势:学习成本低,上手快;可以很好地和生信专业人士沟通合作完成大项目,也可以自力更生,偶尔求助便能干湿结合发文章;主湿副干目前是生物领域的发展大趋势,绝大多数人的最优选择,无论是求学求职还是考虑未来发展都不错。

缺点:干实验对于非计专业的人还是有一定挑战性,部分人惧怕编程,学习干流程也要花费额外经历,压力大(肝完实验又编程);部分人可能会盲目自信,学了几个流程觉得生信不过如此,狗都能做,殊不知自己的数据结果漏洞百出,图片歪七扭八,不再虚心学习,也不寻求帮助,最后吃大亏(本人见过)。

一些特点:对于主湿副干的朋友们生信只是工具,就和学会graphpad prism或是spss一样,只是在项目的进行中学到的一个技能。所以并不需要了解很多生信的内容,只要熟悉课题用到的一些下游流程即可,如果是干湿结合的组,能做到和干实验同事做好对接即可。如果是湿实验组建议小心谨慎,多向生信人士求助(不要过于相信同组的非生信专业的同学的帮助)。最后,如果有能力有精力,学好R。

4.纯湿

最常规的发展方向。其实是这样,如果历任老板都没有给过带生信的课题,就自然这样了。这时候可能有人会焦虑了,生信现在这么火,这我不学能行吗,这不落后于人了吗?是啊,你不学别人学了肯定落后了啊,但是有时间就一定要学生信吗?

答案肯定是NO,生信虽然很火,但是实际上对于实验人员来说还是一个工具,而且这个工具在不断升级,今年的代码明年就过时了。目前如果没有需要生信的项目,你花了很多时间精力学了一个生信流程,暂时用不上,不过你觉得未来会用上,心里窃喜。实际上,过一两年你学的东西先不管你还记不记得,就算做的出来也有可能过时了。另外,就算你掌握了几个流程,未来可能用的次数也不多,跟你学会ai学会spss学会prism等等或者一些湿实验技能的投报不成正比。花费很大心血跑通的流程可能就用那么一次,过段时间又忘了又过期了。

一点小建议就是,如果想往纯湿的方向走,就不用去太关注生信技能,赶上用就学,赶不上用就不学。无论干实验多火,湿实验永远是必要的。而且生信流程和实验本身都是技能而已,可能求学找工别人会看中,但是要是想自立门户,光会做实验可不行,实验设计、科研思路、文献解读能力和科研嗅觉,当然还有最重要的人脉,如此等等,这些才是货真价实的科研能力,之前那些都是科研技能。

优点:精力集中,专心搞实验,一砖一瓦,踏踏实实;技多不压身,学的东西都是长远的技能,不会被迭代;不用跟编程、代码、各种数据打交道。

缺点:没有拿得出手的生信技能,再没有好的成果(周期长),在找工求学时没有优势;不了解生信的话可能在构建实验流程上片面,赶不上热点;因为没有生信基础错失一些机会。

一些特点:传统实验不会被完全取代,湿实验仍是主流。在一些干湿混合的课题组,湿实验成员并不需要掌握生信技能,这是最高效合理的专业分工。很多老板也没有生信背景,但是通过学习和阅读也能懂得生信的作用,不会做生信并不影响他们把生信实验融入到课题中。就算真的不了解,现在科研院所里引入了专业的干实验课题组,和他们合作永远比自己硬憋要有益得多。这种干湿的合作会越来越多越来越常见,在未来甚至是主流。所以不会干实验并不意味着落后于人,懂得合作才是关键。主干副湿,主湿副干,都远比不上一干一湿的合作。纯湿,就把实验技能学好了,把科研能力训练好了,自己强了,自然就有人跟你合作,自然就有更好的成果。


写在最后,无论我们选择纯还是不纯,选择干还是选择湿,都要明确自己的定位,着重提升自己所需的能力,不会的虚心请教,重视合作,才能跟上生信发展的大势。

END